A excelência do Programa de Pós-graduação Stricto sensu do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz) vem sendo reconhecida por premiações em diferentes ocasiões.
Dentre estas, o recebimento por dois anos consecutivos, 2011 e 2012, do Prêmio Capes de Tese, além de menções honrosas nos anos de 2016 a 2020.
O Programa foi contemplado, ainda, com prêmios de Sociedades Científicas, como de Parasitologia, Protozoologia e Medicina Tropical, além de reconhecimento em eventos internacionais.