O Programa de Pós-graduação Stricto sensu do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), reconhecido por sua excelência, foi premiado em diferentes ocasiões. O Programa recebeu por dois anos consecutivos, 2011 e 2012, o Prêmio Capes de Tese, na categoria Ciências Biológicas III. O Programa foi contemplado, ainda, com os prêmios Walter Colli e Zigman Brener, da Sociedade Brasileira de Protozoologia (SBPz), além da premiação internacional Global Health Travel Award for Drug Discovery for Protozoan Parasites, concedido pela Fundação Bill & Melinda Gates.